Sejarah Singkat Masaga

Pada awal berdirinya PPP. Al-Munawwir Komplek Q Krapyak Yogyakarta, pendidikan santri langsung ditangani oleh KH. A. Warson Munawwir, karena santri-santrinya baru beberapa orang dan memungkinkan untuk ditangani sendiri. Namun, setelah jumlah santrinya semakin bertambah dan tidak mungkin ditangani sendiri, maka pendidikan santri selain ditangani langsung oleh beliau, juga dibantu oleh beberapa santri senior dan pelaksanaan harian ditangani oleh kepengurusan yang merupakan bagian dari kepengurusan Pondok Pesantren Komplek Q.

Setelah enam sampai tujuh tahun pendidikan berjalan, perkembangan santri semakin bertambah dan perlu adanya penanganan tersendiri agar lebih terarah tercapainya tujuan pendidikan, maka pada tahun 1996 dibentuklah kepengurusan tersendiri untuk menangani masalah pendidikan yang terlepas dari kepengurusan Pondok Pesantren.

Dalam perkembangannya, kepengurusan tersebut tidak dapat berfungsi dengan baik, selain kurangnya keseriusan para pengurus, juga karena tidak adanya pedoman yang jelas serta misi dan visi Madrasah yang belum terkonsep dengan baik. Oleh karena itu, dua tahun kemudian penanganan pendidikan diambil alih dan dijalankan oleh pengurus Pondok Pesantren. Lalu pada tahun 1998, pendidikan santri ditangani lagi oleh sebuah kepengurusan tersendiri, yaitu pengurus Madrasah Salfiyah III Pondok Pesantren Al-Munawwir Komplek Q Krapyak Yogyakarta. Sejak itu (1998-sekarang), perangkat kemadrasahan dilengkapi dengan susunan personalia yang lengkap dengan pedoman umum serta Tata Tertib santrinya