Madrasah Salafiyah III
Madrasah Salafiyyah III diselenggarakan rutin setiap bakda maghrib, santri dikelompokkan dalam 7 tingkatan. Kurikulum diatur sesuai dengan jenjang jenjang pendidikan dan didukung oleh para pengajar/ustaz dan ustazah yang berkompeten baik dari keluarga pengasuh, alumni, maupun santri senior PP. Al-Munawwir Krapyak Yogyakarta.
Madrasah Tahfiz
Program ini khusus diperuntukkan bagi santri yang menghafal Alquran 30 juz. Tahfidzul quran diampu secara langsung oleh pengasuh PP. Al-Munawwir komplek Q yaitu Nyai Hj. Husnul Khotimah Warson beserta putra putri beliau, KH. Muhammad Fairuz Warson dan Nyai Hj. Qorry Aina Warson. Untuk mengikuti program ini, santri diwajibkan mengikuti seleksi.
Madrasah Ibtidaiyah Tahfidz El Muna Q
Lembaga pendidikan formal setingkat SD yang berada di bawah naungan Yayasan Pondok Pesantren Al Munawwir Komplek Q, Krapyak yang diperuntukkan bagi siswa putri yang memiliki minat dan tekad yang kuat untuk menghafal Al Qur’an dan mempelajari Islam serta ilmu pengetahuan secara bersama.
Madrasah Tahfiz Putri Anak (MTPA)
Madrasah Tahfidz Putri Anak-Anak (MTPA) Al Munawwir Komplek Q merupakan salah satu madrasah di bawah naungan Pondok Pesantren Al Munawwir Komplek Q. MTPA diperuntukkan bagi anak usia 6,5 – 12 tahun yang memprioritaskan santri menghafal Al-Qur’an dan mukim di pondok. Selain itu, pendidikan di MI Tahfidz El Muna Q menjadi sarana santri untuk menimba ilmu yang lain.
Madrasah Tsanawiyah Tahfidz al-Qur’an (MTsTQ) El Muna Q
Madrasah Tsanawiyah Tahfidz El Muna Q merupakan lembaga formal setingkat SMP yang berada di bawah naungan Yayasan Pondok Pesantren El Muna-Q Krapyak Bantul. MTsTQ El-Muna Q merupakan sekolah lanjutan dari MI Tahfidz El Muna Q Krapyak yang mencetak bibit unggul yang tidak hanya berakhlaq qur’ani, namun juga cerdas di bidang ilmu pengetahuan.
Madrasah Tahfidz Putri Remaja (MTPR)
Madrasah Tahfidz Putri Remaja (MTPR) Al Munawwir Komplek Q merupakan salah satu madrasah khusus santri putri tahfidz al-Qur’an tingkat SMP yang berada di bawah naungan Pondok Pesantren Al-Munawwir Komplek Q Krapyak Yogyakarta. Madrasah Tahfidz Putri Remaja (MTPR) merupakan Madrasah bagi anak kelas VII sampai kelas IX yang memprioritaskan hafalan al-Qur’an dan mukim di pondok.
SMK Al – Munawwir
Yayasan PP Al Munawwir Krapyak Yogyakarta bekerja sama dengan SMK Ma’arif I Bantul membuka SMK Ma’arif Al Munawwir yang memiliki 2 jurusan yaitu, Teknik Mekanik Otomotif (putra) dan Tata Busana (putri).
Pelajar SMP-SMA
Asrama Komplek Q yang diperuntukkan bagi pelajar SMP dan SMA.