Pembelajaran di Madrasah Salafiyyah III menggunakan sistem klasikal yang diselenggarakan rutin setiap bakda maghrib di Madrasah Salafiyyah III, santri dikelompokkan menjadi 6 kelas menurut kemampuannya dan diatur dengan kurikulum sesuai dengan jenjangnya. Madrasah Salafiyyah III didukung oleh para pengajar/ustadz dan ustadzah yang berkompeten baik dari keluarga pengasuh, alumni, maupun santri senior PP. Al-Munawwir Krapyak Yogyakarta.