Madrasah Tahfiz PP Al-Munawwir Komplek Q terbagi menjadi dua bagian. Pertama, Madrasah Tahfiz I (Q6) yang diperuntukan khusus bagi santri yang menghafal Al-Qur’an tanpa mengikuti kegiatan Madrasah Diniyah (madin). Kedua, Madrasah Tahfiz II dimana santri tetap wajib mengikuti kegiatan madin.

Tahfidzul Qur’an santri Q6 diampu oleh KH. Muhammad Fairuz Warson dan Nyai Hj. Qorry Aina Warson, sedangkan pada Tahfiz II diampu langsung oleh pengasuh, Ibu Nyai Hj. Khusnul Khotimah Warson. Pada program ini, seluruh santri diwajibkan untuk menghafal sampai khatam 30 juz dan melaksanakan pengabdian selama kurang lebih satu tahun. Santri yang telah khatam dan lolos ujian akan diwisuda pada Haflah Khatmil Qur’an yang dilaksanakan setiap dua tahun sekali.

Pendaftaran Madrasah Tahfiz dapat dilakukan melaui pengurus pondok bagi santri baru dan pengurus Tahfiz II bagi santri yang telah mukim untuk kemudian diseleksi melalui ujian. Adapun materi ujian meliputi makharijul huruf, tajwid, kelancaran, dan kemampuan menghafal.